Na emissão da NF-e, o emitente se depara com a Rejeição (244): “CNPJ do Certificado digital difere do CNPJ da Matriz e do CNPJ Emitente” quando o certificado utilizado é incorreto. Ou seja, mesmo sendo informado o CNPJ correto no XML da nota, o CNPJ do certificado digital não é o mesmo e nem o da Matriz, que poderia também assinar o XML no caso de um Certificado Matriz.

Um emitente possui o CNPJ 1254123456789, ele precisa emitir uma nota fiscal e, na geração da nota, utiliza um certificado digital cujo CNPJ é 1245123456789, neste caso diferente do CNPJ correto do emitente, ocorrendo a rejeição.