Na pagina inicial do seu Emitte + clique em clientes.

Clique nas 3 barrinhas do lado esquerdo superior depois em Clientes, irá abrir uma lista com todos os seus clientes cadastrados, encontre o que precisa inserir o certificado e clique no olhinho, a direita da razão social.

Após clicar no olhinho abrirá uma pagina contendo as informações do seu cliente, clique nos 3 pontinho logo após na opção inserir certificado.

Após clicar em inserir certificado selecione o arquivo e salve junto a senha.

Após inserir basta clicar em salvar.