O manifesto é usado para movimentação de cargar, ele serve para agrupar todas as NF-es ou CT-es que serão transportadas, facilitando a fiscalização, pois basta estar com ela em mãos, não sendo necessário carregar todos os documentos transportados.
O MDFe pode ser emitido por Pessoa Física ou Jurídica, você só precisa possuir:
CNPJ/CPF válido
Inscrição Estadual ativa
Certificado Digital A1
Estar credenciado na Sefaz para emissão de NFe ou CTe
Não existe um credenciamento próprio para MDFe, ao se credenciar para um dos modelos citados a cima, a empresa ou produtor rural já está apto a emitir o manifesto.
Clique aqui para entender a diferença entre as notas de transporte.