O manifesto é usado para movimentação de cargar, ele serve para agrupar todas as NF-es ou CT-es que serão transportadas, facilitando a fiscalização, pois basta estar com ela em mãos, não sendo necessário carregar todos os documentos transportados.
O MDF-e pode ser emitido por Pessoa Física ou Jurídica, você só precisa possuir:
CNPJ/CPF válido;
Inscrição Estadual ativa;
Certificado Digital A1 ou A3;
Estar credenciado na Sefaz para emissão de NF-e ou CT-e.
Não existe um credenciamento próprio para MDF-e, ao se credenciar para um dos modelos citados a cima, a empresa ou produtor rural já está apto a emitir o manifesto.