O Emitte trabalha com 4 tipos de CTe, são eles:

Utilizado para operações normais, prestações de serviço de transportes intermunicipal de uma mercadoria.

Quando um CT-e é emitido com o valor inferior ao que deveria, ao invés de cancelar e emitir outro, pode-se emitir um CT-e de complemento de valores. Lembrando que ele pode ser utilizado para alteração do valor do ICMS ou do frete. Esse tipo de Conhecimento de transporte só é aplicado quando se precisa aumentar o valor do serviço ou acrescentar o valor do ICMS, não sendo utilizado para “diminuir” o valor do frete.
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Obs.: No CT-e de complemento, deverá ser informado apenas o valor da diferença que ficou faltando, não o valor inteiro do serviço ou do ICMS. 

Esse modelo de conhecimento de transporte é utilizado quando não se pode cancelar ou fazer uma carta de correção em um CT-e que saiu com erro.
Antes da emissão desse modelo, é necessário que o tomador do serviço emita uma declaração de anulação de serviços, só após a emissão dessa declaração que a transportadora poderá emitir o CT-e de anulação
Ele pode ser emitido em até 60 dias após o primeiro CT-e, podendo variar de estado para estado. 

Ele é utilizado para substituir o CT-e que foi anulado, sendo emitido para correção de valores. Lembrando que a sefaz não permite que o Tomador seja alterado no CT-e de substituição, este deve ser o mesmo mencionado no CT-e de anulação e o CT-e original.
A data de emissão desse documento é de 90 dias após a emissão do primeiro CT-e, podendo variar de estado para estado.
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